Fase di preparazione: ispezionare la pipetta Pasteur per assicurarsi che sia intatta e che le graduazioni siano chiaramente leggibili. Se sono necessarie condizioni sterili, aprire la confezione sigillata singolarmente all'interno di un banco pulito (cappa a flusso laminare), facendo attenzione a evitare il contatto diretto delle mani con la punta della pipetta. Per le pipette non-sterili, la disinfezione può essere eseguita pulendole con alcool.
Aspirazione del liquido: inserire verticalmente la pipetta Pasteur nel liquido, quindi premere delicatamente il bulbo di gomma o utilizzare un ausilio meccanico per aspirare il fluido. Si consiglia di mantenere una velocità di aspirazione di 1–2 ml al secondo per prevenire la formazione di bolle d'aria. Durante la lettura del volume, posizionare gli occhi all'altezza del menisco liquido per ridurre al minimo gli errori di parallasse. Per le pipette con suddivisioni fini da 0,1 mL, l'operazione deve essere eseguita lentamente e con precisione.
Trasferimento ed erogazione: spostare la pipetta Pasteur nel contenitore target ed erogare lentamente il liquido; è possibile toccare delicatamente la punta contro la parete del contenitore per ridurre al minimo il liquido residuo. I potenziali pericoli includono: una spremitura eccessiva, che potrebbe causare spruzzi di liquidi (in particolare con sostanze corrosive), o uno smaltimento improprio dopo l'uso, che potrebbe portare a contaminazione incrociata-. Dopo l'esperimento, le pipette monouso devono essere gettate in appositi contenitori per rifiuti chimici o a rischio biologico e non devono essere riutilizzate.
Condizioni di conservazione: le pipette Pasteur non utilizzate devono essere conservate in un ambiente asciutto, al riparo dalla luce. La temperatura di conservazione consigliata è di 15–25 gradi; evitare l'esposizione a temperature elevate o umidità eccessiva, poiché queste condizioni potrebbero compromettere la stabilità del materiale.